(CVS)既に存在するリポジトリ上のディレクトリにプロジェクトを追

「モジュール名の入力」のとこで、「既存のモジュールを使用」を選び、リポジトリパス上のディレクトリを選べば、そのディレクトリにプロジェクトを登録できる。

参考URL:
http://rat.cis.k.hosei.ac.jp/article/java/eclipseandcvs.html