「モジュール名の入力」のとこで、「既存のモジュールを使用」を選び、リポジトリパス上のディレクトリを選べば、そのディレクトリにプロジェクトを登録できる。参考URL： http://rat.cis.k.hosei.ac.jp/article/java/eclipseandcvs.html